Mit seinem Sieg über die vereinten Preussen und Russen in der Doppelschlacht von Jena und Auerstedt im Oktober 1806 hatte Napoleon endgültig die uneingeschränkte Vorherrschaft in Mitteleuropa gewonnen. Nach einem weiteren Sieg über die russische Armee bei Friedland im Juni 1807 gewann er Zar Alexander I. als Verbündeten. Im Frieden von Tilsit vom Juli 1807 verlor Preussen einen erheblichen Teil seines Territoriums, das nun den von Napoleon nach dem Friedensschluss von Tilsit neu errichteten französischen Vasallenstaaten, dem Königreich Westfalen und dem Herzogtum Warschau, zugeschlagen wurde; in Westfalen setzte Napoleon seinen Bruder Jérôme als König ein. Ausserdem besetzte Napoleon Preussen.

Unterdessen hatte Napoleon eine Blockade gegen den Export britischer Waren in das restliche Europa, die so genannte Kontinentalsperre, errichtet, die allerdings wenig Wirksamkeit zeigte. Erfolgreicher verliefen Napoleons Unternehmungen auf der Iberischen Halbinsel: 1807 geriet Portugal, 1808 Spanien unter französische Herrschaft. Joseph Bonaparte erhielt den spanischen Königsthron, Neapel wurde Napoleons Schwager Joachim Murat zugesprochen. Die neue Größe des Reiches verdeutlichte auch ihre Unbeherrschbarkeit und 1808 trat Spanien dem Befreiungskrieg bei.

Der Krieg in Spanien kostete Frankreich indessen 300 000 Menschenleben, verursachte enorme Kosten und trug letztlich zur Schwächung der napoleonischen Herrschaft bei. Napoleon konnte in Spanien die französische Herrschaft nie ganz durchsetzen, und 1813 wurden die französichen Truppen endgültig aus Spanien verdrängt.

1809 schlug Napoleon die Österreicher erneut bei Wagram und zwang sie zum Frieden von Schönbrunn, in dem Österreich weitere Gebiete an Frankreich abgeben musste. Napoleon liess sich ausserdem von Joséphine scheiden und vermählte sich 1810 mit der Habsburgerin Marie Louise, der Tochter des österreichischen Kaisers Franz I. In diese Verbindung mit einem der ältesten und mächtigsten Herrscherhäuser Europas setzte Napoleon grosse Hoffnungen hinsichtlich einer neuen europäischen Herrscherdynastie, die sich allerdings nicht erfüllen sollten; ausserdem glaubte er, durch diese Ehe Österreich in der Zukunft von antinapoleonischen Koalitionen fernhalten zu können.

1810 annektierte Napoleon Bremen, Lübeck und weitere Teile Norddeutschlands sowie – nach der erzwungenen Abdankung Louis Bonapartes – das gesamte Königreich Holland, womit sein Imperium seine grösste Ausdehnung erfuhr.In fast allen Gebieten, die unter napoleonischer Herrschaft standen, wurde die Staatsverfassung geändert und der Code Napoléon als Zivilrecht eingeführt. Das bedeutete für grosse Teile der betroffenen Bevölkerung erstmals eine Garantie bürgerlicher Rechte. Auch in Deutschland wurden die Reformen von demokratisch gesinnten Kräften vielerorts begrüsst, andererseits befürworteten diese Kreise zugleich einen deutschen Nationalstaat, was sie wiederum in Gegensatz zu Napoleon brachte. Im Rahmen eines romantisierten Patriotismus sollten sie eine wichtige Rolle in den Befreiungskriegen spielen. Insgesamt wuchs der Widerstand gegen die französische Fremdherrschaft in ganz Europa, wurde aber zunächst noch in Schach gehalten (z. B. Andreas Hofer in Tirol).

1812 war das Jahr der Wende in Napoleons politischem und militärischem Schicksal. Entscheidend war Napoleons Feldzug nach Russland. Nachdem es u. a. über die Kontinentalsperre mit Alexander I. zum Bruch gekommen war, marschierte Napoleon mit seiner Grande Armée in Russland ein und führte sie bis vor die Tore Moskaus. Der Brand der Stadt, von den Einwohnern selbst gelegt, wurde zum Fanal für den Niedergang des Feldherrn und Kaisers.

Die völlige Erschöpfung der Ressourcen durch die häufigen Kriege, rigorose Steuerpolitik und Polizeiherrschaft hatten Napoleon längst bei der französischen Bevölkerung in Misskredit gebracht. Der sieglose und verlustreiche Rückzug seiner Truppen im russischen Winter brachte sie weiter gegen ihn auf und rief die europäischen Herrscher gegen Napoleon auf den Plan. Als Erste verbündeten sich Preussen und Russland. Österreich, England, Schweden und Bayern schlossen sich an. Dieser Übermacht erlag das napoleonische Heer schliesslich trotz heftiger Gegenwehr in der Völkerschlacht bei Leipzig im Oktober 1813.

Anfang 1814 zogen die Verbündeten unter der Führung des preussischen Generals Blücher in Paris ein.
Napoleons Offiziere verweigerten die weitere Gefolgschaft, am 2. April 1814 setzte der Senat den Kaiser ab, und nachdem die Verbündeten auch einen Rücktritt zugunsten seines Sohnes abgelehnt hatten, dankte Napoleon am 6. April 1814 ab. Er erhielt die Mittelmeerinsel Elba als souveränen Besitz und durfte seinen Kaisertitel behalten. Seine Ehegattin Marie Louise und ihr gemeinsamer Sohn wurden von seinem Schwiegervater, Kaiser Franz I. von Österreich, in Gewahrsam genommen. Napoleon sah die beiden niemals wieder.

Napoleon selbst kehrte im März 1815 nach dramatischer Flucht noch einmal nach Paris zurück, für die „Herrschaft der Hundert Tage". Es gelang ihm zwar, durch das Versprechen einer neuen, demokratischeren Verfassung, erneut die Veteranen der alten Feldzüge um sich zu sammeln, seine Friedensinitiative bei den Verbündeten schlug hingegen fehl. 

Die vereinten preussischen und englischen Streitkräfte unter Führung von Wellington und Blücher bereiteten den napoleonischen Truppen in der Schlacht von Waterloo am 18. Juni 1815 eine vernichtende Niederlage.
 

Napoleon wurde auf die winzige englische Insel Sankt Helena im Südatlantik verbannt, wo er am 5. Mai 1821 an Magenkrebs starb. Seine Gebeine wurden 1840 in den Pariser Invalidendom überführt.

Seine Gebeine wurden 1840 in den Pariser Invalidendom überführt.